В Мёнкар Таши Донге к югу от Лхасы он дал учения о житиях великих святых древности. Тогда же Дже Цонкапу попросили проповедовать в стиле традиции геше Шатонпы и других наставников, которые за период учения разъясняли целых одиннадцать томов коренных текстов. Он согласился и, чтобы подготовиться, ушёл в затворничество на двадцать дней. Он намеревался начать учение в первый день тибетского лунного месяца, но, из-за большого количества желающих его услышать, отложил его до четвёртого дня, чтобы у людей было время на прибытие. В этот промежуток он немного учил традиции Марпы и Миларепы, а позже в течение трёх месяцев дал комментари не на одиннадцать, а на целых семнадцать коренных текстов. Каждый день учения был поделён на пятнадцать сеансов между рассветом и закатом, в течение которых давались наставления по следующим трудам: «Толкование ‘Свода достоверного познания’», «Украшение ясного постижения», «Сокровищница знания», «Свод знания», «Сутра о дисциплине», четыре поздние произведения Майтрейи, пять сочинений Нагарджуны, «Вхождение в срединность», «Четыре сотни строф» Арьядевы, и «Вступление на путь деяний бодхисаттвы» Шантидевы.
Обо всех этих сочинениях и комментариях к ним он учил по памяти, излагая и скрупулёзно объясняя содержащиеся в них глубокие логические тезисы. Вместе с тем, он не прерывал свои собственные ежедневные духовные практики. Так, к примеру, он ежедневно выполнял множество ритуалов самопосвящения в мандалы Ямантаки и других божеств.
Оттуда он направил свой путь на юг, и там ушёл в строжайшее затворничество по практике Херуки, где каждый вечер выполнял ритуал самопосвящения. В традиции Кагью уделяется особое внимание Шести йогам Наропы и Шести учениям Нигумы, связанным с техниками дыхания и медитацией на порождение внутреннего жара. Практикуя с невероятным усердием, ежедневно выполняя по восемьсот циклов созерцания внутреннего жара, он развил обе способности .
Лето того года он провёл со своим сакьясским учителем Рендавой. Он жили вместе и дали друг другу множество посвящений, расположившись на холме, где позже был построен знаменитый дворец Потала. Затем Рендава вернулся в Цанг, а Цонкапа вновь отправился в Кьомо Лунг, где учил «Циклу Калачакры», «Украшению ясного постижения» и «Вхождению в срединность».
Он принял решение сосредоточиться на изучении четырёх классов тантр и вновь приступил к поискам учителя, хотя сам передавал тантрические посвящения с семилетнего возраста. Выехав в Цанг для обсуждения своих планов с Рендавой, по пути он получил множество посвящений от Драгпа Шеньена Ринпоче, настоятеля монастыря Ронгруб Чолунг. Тот Ринпоче даровал ему часть обычных для низших классов тантр посвящений и полномочий. Ранее два ученика Цонкапы прослушали множество учений у ламы Умапы Паво Дордже, и теперь он, через этих учеников, попросил Цонкапу дать ему посвящение Сарасвати. В юности, когда этот лама был пастухом в восточном Тибете, ему в видениях являлся Чёрный Манджушри. Цонкапа было попросил у него учение по Манджушри Дхармачакре, но не смог получить его в то время, так как спешил увидеться с Рендавой.
Однажды Цонкапе приснился Чокьи-пэл. Во сне он спросил ламу, сколько раз тот прослушал учение по Калачакре от Будона Ринпоче. Лама ответил, что получил это учение семнадцать раз, что заставило Цонкапу принять решение о личной встрече с с Чокьи-пэлом. В то время живая традиция Калачакры была под угрозой уничтожения.