Ну, как я уже сказал - всё зависит о того, что человек хочет увидеть. Если есть желание увидеть всё Учение единым, то способ есть: взять за принцип интерпретации пустоту пустоты. Что совместимо с этим принципом, без разрушения системы, Будда-Дхарма. Что никак несовместимо - не получится от индуизма отличить. Вот и всё. Выбор парадигмы навязать невозможно. Если выбрать совпадение индуизма с буддизмом, с разрывом буддизма на набор несовместимых школ, вольному воля.
Что касается Учителей, ещё раз повторю свою позицию: нужно выстраивать интерпретацию со слов живых Учителей. Буддизм не религия Книги. Любой текст полисематичен (что общепризнано в лингвистике): и для того, чтобы выбрать правильную интерпретацию из числа логически возможных, нужно ориентироваться на реальную традицию.
Если же учёный строит гипотезы о первоначальном буддизме, чётко отличая их от живого буддизма - то тоже всё хорошо. Религиоведческий же анализ (что такое буддизм) должен отталкиваться от живой традиции, от утверждений современных Лам. Не нужно быть святее Папы Римского, и учить католиков, что такое настоящий католицизм: нужно исследовать, что Папа Римский о нём говорит. То же с буддийскими авторитетами.
Если Ламы проводят разграничение между Дзогчен и индуизмом - значит, это разные учения. Логически возможно выстроить различные интерпретации, но нужно выбирать из числа различных (согласно принципу О.О.Розенберга). Иначе это будет уже не буддизм, а проекции на буддизм научных предположений о прошлом, или проекция на буддизм индуизма.