Напрямую айкидо и дзэн-буддизм не связаны. О-сэнсей использовал в основном практики синто, точнее омото-кё, а так же в некоторой степени буддизма школы Сингон, тяготеющей к ваджраяне. К последним можно отнести декламацию Сутры сердца в качестве котодамы и применение некоторых мудр. Со слов профессора Джона Стивенса, исследователя духовного наследия Уэсибы, обладателя 7 дана айкидо и сертифицированного буддийского священника, разница между буддийской медитацией и "медитацией айкидо" состоит в том, что в первой адепт стремится "опустошить" сознание,в то время как во второй- "наполнить" себя вселенной и мистически с ней слиться. От себя хочу добавить, что противоположность подходов тут скорее видимая. Лишь полностью избавившись от омрачений своего эго, можно обрести весь мир.
Будо(японский путь воина), частным случаем которого является айкидо, говоря в общем, определённо связан с дзэн-буддизмом (равно как и с синто и конфуцианством). На практике связь с дзэн можно проследить в стремлении встречать атаку пустым сознанием, лишённым мыслей и эмоциональной окраски, а следовательно способным моментально наиболее эффективно реагировать, а так же в ощущении исчезновения своего "я" и противопоставления себя и противника.