Вы абсолютно правы.
Вы указали на то, что самскары являются хранилищем опыта. Но если мы возьмём их определение как дхарм, которые составляют восприятие, а не определяют его, то хранилищем они являться не могут.
Будда говорил о том, что перерождение имеет место быть. Значит сам процесс возможен в рамках анатмана.
И в махаяне ответ на то, каким образом происходит перерождение и что именно перерождается дан. Он очень тщательно проработан, потому что в этом ответе требуется соблюсти принцип анатмана. И для этого помимо шести сознаний введены ещё два. И сделано разделение ума на читту, манас и виджняну с объяснением их различий.
Но это очень тонкая философия, потому что описывается процесс (перерождение), который неявно предполагает наличие кого-то, кто перерождается. И очень легко что-то упустить и раскритиковать его, не поняв полностью.